En el año 1993 la Comisión Nacional de Meteorología e Hidrología del CONICIT crea un programa para la modernización de la hidrometeorológica nacional. En julio de 1998, el anterior Ministerio del Ambiente y Recursos Naturales (MARN) activa la Unidad Ejecutora del Programa VENEHMET, esta tiene como misión propiciar y concretar las acciones necesarias para la implantación del bosquejo y la creación del nuevo instituto.
En diciembre de ese mismo año el Programa VENEHMET firma un contrato de financiamiento con la Corporación Andina de Fomento (CAF) con el objeto de crear una institución pionera en el país dentro del área de meteorología e hidrología.
 
En el Programa VENEHMET, un importante esfuerzo interinstitucional, participa el Ministerio del Ambiente y los Recursos Naturales (MARN) como organismo ejecutor, la Fuerza Aérea Venezolana (FAV), la Electrificación del Caroní (CVG-EDELCA), la Armada de Venezuela, el Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas (INIA), la Universidad Central de Venezuela (UCV), la Universidad de los Andes a través del CIDIAT y la Comisión Nacional de Meteorología e Hidrología (CNMeH).

Utilizando la infraestructura existente, con el proyecto en operación y la participación de los distintos ministerios y cuerpos gubernamentales asociados, se crea en 1994 el Centro Nacional de Alerta y Pronóstico Hidrometeorológico (CENAPH) bajo la dirección de la Comisión Nacional de Meteorología e Hidrología, cuya función es la de recolectar datos en tiempo real desde los sistemas de censores en las estaciones ubicadas en las diferentes cuencas del país.
 
Luego de un proceso de análisis se decide dar paso a la creación del Instituto Nacional de Meteorología e Hidrología (INAMEH) con la aprobación por parte de la Asamblea Nacional, y por la iniciativa del CONICIT y el Ministerio del Poder Popular para el Ambiente en el 2003.
 
Se establece entre las funciones del INAMEH integrar los distintos servicios de meteorología e hidrología que ofrecen diferentes instituciones en el país, modernizar la recolección de datos e integrar y generar información a nivel regional y nacional.
 
En el 2006 se aprueba el marco legal que regula las actividades del INAMEH, el cual se publica en Gaceta Oficial Nº 5.833 el 22 de diciembre. Este se elabora tomando en cuenta normas internacionales en matera de hidrometeorología, y en especial la normativa de la Organización Meteorológica Mundial.

En el 2008 el Instituto Nacional de Meteorología e Hidrología (INAMEH) inicia sus operaciones en el Parque Tecnológico Sartenejas y se aboca a trabajar “por la recuperación del servicio hidrometeorológico nacional”.